胎停两次查不出原因是否可以继续怀孕需要根据具体情况而定。若女性年龄较小，并且没有其他异常情况，则有较大的可能性再次怀孕后不会出现胚胎停止发育的情况。但如果女性年龄较大或存在异常疾病等情况下，则有可能会出现胎停的现象。
1.一般可以正常怀孕：导致胚胎停止发育的原因较多，如染色体异常、母儿血型不合、子宫畸形以及内分泌失调等情况。如果发生两次胚胎停止发育的孕妇，检查时并未发现明确病因，则说明胚胎停止发育与遗传因素无关，此时通常不需要过于担心，在进行备孕期间做好相关产检即可。同时夫妻双方也要注意避免吸烟饮酒等不良生活习惯，以免影响胎儿生长发育。此外，对于第一次胎停育的女性来说，如果年龄比较小，身体素质比较好，经过积极治疗以后恢复得也比较好，而且在第二次怀孕的时候还特别注重了平时的生活护理和保养，那么就完全可能保证成功妊娠并且顺利分娩健康的宝宝。
2.可能会再次胎停：若是由于免疫性因素引起两次胎停育的女性，一般建议隔半年后再考虑备孕较好。因为免疫系统异常引起的反复流产概率比较高，所以最好先不要着急要孩子，而是应该去医院做全面的身体检查，看是否有问题。如果是甲状腺功能减退症患者，应在医生指导下使用左甲状腺素钠片治疗，待病情稳定3-6个月后再考虑备孕较为合适。而对于患有高血压、糖尿病等疾病的女性则需遵医嘱用药控制原发病，待血压、血糖平稳后再考虑备孕也不迟。另外，对于曾经有过多次胚胎停止发育病史的女性，应当及时到医院就诊并查明具体原因，然后针对病因接受针对性治疗。只有这样才能够降低下次再出现胚胎停止发育的概率。
因此，当出现胎停两次的情况时，应及时前往医院完善相关检查，以排除病因。日常生活中应注意养成良好的饮食习惯，多吃新鲜蔬菜水果及高蛋白食物，适当运动锻炼增强体质。
